由于冷灌裝后瓶不會收縮，這樣物料和瓶蓋之間會有-部分空氣，其中的氧會在存放過程中緩慢氧化物料，從而導致飲料變質。所以，全玻璃瓶旋蓋機設備會添加一套氮氣(或其他惰性氣體)置換系統，將頂部的空氣吹走，保證物料不被氧化。
無菌空間環境的保持，一般采用凈化間隔離措施。主體旋蓋機設計為D100級空氣凈化間，外面還有萬級凈化間(有些無菌灌裝設備并不需要)，通過凈化間的過濾系統保證灌裝環境內空氣潔凈度，使物料不會被空氣中懸浮的微生物二次污染。
對于中性飲料無法用熱灌裝工藝進行生產，由于其采用倒瓶方式對瓶蓋進行殺菌，高酸飲料還可以抑制微生物增長，而中性飲料則無法保證產品安全性，產品不良率很高。如果用熱灌裝工藝生產中性茶飲料，就必須添加防腐劑。對于全玻璃瓶旋蓋機，由于是在無菌條件從兩者工藝流程圖對比來看，最大的區別就是飲料受熱時間不同。眾所周知，熱處理時間越長，對飲料的品質和口感影響越大。全玻璃瓶旋蓋機采用UHT超高溫瞬時殺菌，對物料的熱處理時間不超過30秒，并且在高溫情況下完全可以保證殺菌效果，而熱灌裝采用的殺菌方式使物料長時間處在高溫狀態下，嚴重影響產品口感、色澤以及熱敏性營養素(如維生素)含量。
此外，從生產線配置上來看，當旋蓋機出現故障停機肘，采用熱灌裝方式處理的物料有-部分回流會延長受熱時間，這樣會嚴重影響整批產品的質量，而全玻璃瓶旋蓋機不會有此現象發生，物料經過瞬時殺菌后已經降到室溫，置于無菌罐內不會影響其品質。
所使用瓶的比較。從上面的灌裝工藝可以看出，兩種灌裝方式對瓶的要求是不同的。熱灌裝工藝要求瓶能夠承受85℃~92℃的高溫且不變，這就要求增大材料的結晶度，同時在吹瓶時要限制誘導應力的產生。其使用的瓶就有以下特點：瓶壁厚，有明確的瓶壁肋骨防止熱收縮；要求有結晶瓶口等，大大限制了瓶型設計的自由度。玻璃瓶旋蓋機可以使用輕質瓶(最高耐熱溫度60℃)和標準蓋，這樣大大降低了瓶子和蓋子的成本，還可以自由的選擇設計瓶型。下進行灌裝，其工藝適應性強，能夠生產的產品類型非常廣泛，包括中性茶飲品、乳飲料以及其他各種飲料，只需對前處理設備進行調整既可改變產品類型。
